WCCは19世紀後半から20世紀初頭にかけて成功したエキュメニカル運動により1937年、教会指導者らからその設立の合意がなされていたが、第二次世界大戦が勃発したため、公式な設立は1948年8月23日となった。
設立当初の加盟数は147であったが、現在は349の教会、教派、団体が加盟しており、世界のクリスチャン5億6000万人を代表する機関となっている。日本では日本キリスト教協議会(NCC)が加盟している。
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