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文化庁が国内の宗教法人に関する統計などをまとめて毎年発行している『宗教年鑑』の最新版（平成２５年版）が発行された。同書によると、２０１２年１２月３１日現在で登録されているキリスト教系の宗教法人（包括・被包括・単位）は４６２８法人と、前年に比べ５３法人増加した。
一方、キリスト教系の宗教団体数（寺院・教会・布教所・その他）は９２７７件で前年比４件減、教師数は２万９２２８人（男：２万４９２３人、女：４３０５人）で同６８人増（男：１５９増、女：９１人減）、信者数は１９０万８４７９人で同１万２４１３人減だった。同書に報告された各宗教の信者数全体に対するキリスト教系信者の割合は、昨年と変わらず１パーセントのままだった。
都道府県別では、キリスト教系信者が多いのは、東京（８５万人）、神奈川（３０・８万人）、大阪（７・６万人）、長崎（６・６万人）、兵庫（５・９万人）だった。また、キリスト教系宗教団体が多いのは、東京（１１８０件）、大阪（５９０件）、北海道（５６３件）、神奈川（５３６件）、兵庫（４６７件）だった。
主な教派・教団別では、カトリック教会（カトリック中央協議会）が宗教団体数１７８３件、教師数１４０３人、信者数４４・４万人、日本基督教団が宗教団体数１７１５件、教師数３３４６人、信者数１２・３万人、日本聖公会が宗教団体数３２７件、教師数２８０人、信者数５・２万人、日本バプテスト連盟が宗教団体数３２６件、教師数４５６人、信者数３・５万人だった。
なお、同書は法人化されている宗教団体（単位宗教法人と包括宗教団体）の統計であり、一定の組織化が達成されている宗教団体であっても法人化されていない、あるいは組織内に全く法人化された団体を持たなければ統計には含まれない。また、信者数などは各宗教法人による報告に基づくものであり、信者の定義や資格などに違いがあることなどから、２０１２年の国内の信者総数は約１億９７１０万人と、同年の国内人口１億２７５６万人の約１・５４倍となっている。
この他、同書で「キリスト教系」と区分される宗教法人には、世界基督教統一神霊協会（統一協会）や末日聖徒イエス・キリスト教会（モルモン教）なども含まれている。
一方、同書における過去１０年のキリスト教系信者数は下記のようになっており、各年でかなりの不規則な差がある。これも各宗教法人の報告に基づく統計という性格から生じるものと考えられるが、２０１１年からは２００万人を下回っており、全体としては減少傾向にあるとみられる。ただし、信者数の減少傾向は、国内の信者総数でも同様にみられる。
■ 過去１０年間のキリスト教系信者の推移
２１５万７４７６人（２００３年）
２１６万１７０７人（２００４年）
２５９万５３９７人（２００５年）
３０３万２２３９人（２００６年）
２１４万３７１０人（２００７年）
２３６万９４８４人（２００８年）
２１２万１９５６人（２００９年）
２７７万３０９６人（２０１０年）
１９２万０８９２人（２０１１年）
１９０万８４７９人（２０１２年）
