エジプト軍部は13日、9日の衝突事件について調査を行う予定であると発表した。ムバラク政権追放後のエジプトでキリスト教に対するさらなる迫害が懸念されている。エジプト国内人権活動家は軍部の調査について「透明な調査は行われず、ただ命令に従って事が処理されるだけだろう」と懸念を表明している。
人権活動家の間では、「SCAFは反抗勢力を虐殺しつつ、独自で虐殺事件について調査を行い、SCAFではなく他の組織に暴力の責任を負わせようとする二重のスタンダードをもって運営している」と懸念を表明している。12日の記者会見でSCAFは9日のコプト教徒虐殺について、「SCAFの兵士は実弾を用いなかった」と主張し、虐殺は他の組織によるものであることをほのめかした。
エジプト政府はエジプト国内の教会に対する全ての迫害問題に対し、全面的に調査を行うことを誓約している。SCAFは13日、公式的に教会と認められていない家庭教会での礼拝を許可するかどうかで討議を行った。エジプト国内のコプト教徒は、イスラム原理主義によるコプト教徒に対するテロ攻撃が収まることを願っている。
ヘネイン氏は「エジプト国内のコプト教徒は国連による保護が必要ではないでしょうか」と懸念を表明した。エジプト国内のコプト教徒の割合は10パーセント程度であり少数派となっており、同国内コプト教徒らによると、社会的にもセカンドクラスの国民として差別的な扱いを受けているという。ムバラク政権追放後のエジプトで、コプト教徒に対する差別的な扱いが取り除かれることが期待されている。