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～キリスト教会は原発推進にはっきり『否』と発言するべき～
またしばしば国内外キリスト教会で議論される問題でもある教会の政治問題への関わりについて、内藤氏は「今こそ教会が原発推進にはっきり『否』と発言するべきであると思う」とのスタンスを明確に表明した。各教団・教派、キリスト教団体などの責任ある立場の人たちは、声明や対政府要望によっても態度を明らかにし、国内国外の教会・市民との連携の輪を広げ、国際的な原発廃止のネットワークをつくることに貢献すべきであると呼びかけている。
内藤氏は著書「キリスト者として"原発"をどう考えるか」において、なぜ教会では原発問題が語られないのかについて「身近な人に電力会社に勤めている人がいるかもしれないという心配を感じる」こと、「かなり狭い範囲の内容について議論が避けられない気がするからで、自分がどのような意見を言ったのか後々の影響を恐れてのことではないか」と指摘している。また教会の牧師の中でも「教会では意見の分かれるような話をしてはならない」との見方をする牧師も存在していることに対し、「主イエスがどれほど意見の分かれる話をされたかということを、ご記憶ないのかとお尋ねしたい。主イエスが大切にされたのは、人の命であり、命にかかわることを放置しておいて、教会の財政や人数に影響を受けないようなことばかりを考えることは、本当におかしなことだと思う」と述べている。
また教会は社会の問題と関係するべきであり、「もしどんなことでも教会は社会の問題と関係しないと言うのなら、私は『それならば、クリスチャンが増えれば増えるほど、世の中は悪くなると思う』」と警告している。
内藤氏は原発の運転に関して、「原発運転の是非は問わないとしても、（原発推進派が）大丈夫だと言うのなら、反対派の学者と討論会、あるいはシンポジウムに出席して説明するべきだ」と呼び掛けており、「公開の討論会、シンポジウムが開けないのであれば、原発はすぐに止めるべきだ」と警告している。原子力発電なしでも電力に余裕があることは、火力と水力の設備容量だけで最大電力は足りてしまうことが、慶応義塾大学を退官した藤田祐幸氏の作成したグラフによっても明らかに示されている（＊図参照）。また事実２００３年には、東京電力の原発全機が停止したが、電力供給に問題は生じなかったことを同著で指摘している。
また「電源三法」という交付金制度を利用して、原発を都会から離れた貧しい地域に建設することについて、「これで潤うのは箱モノ関係の大手事業者で、地元はおこぼれだけという、いつまで経っても地域の産業は振るわない魔物である」と指摘している。市の予算の半分が交付金や原発による税収になってしまえば、「二度と抜け出せない薬物中毒のような状態になる」と著書の中で警告している。
～原発は差別の構造がなければ成り立たない～
また原子力は差別の構造であり、貧しい人々を、事故がなくても被曝させることによってしか原子力は維持することができないことを指摘した。仕事がなく困っている貧しい人々を、不当な労働条件で雇い、金銭を渡すことで命を削らせるという、非人道的な仕組みであると警告し、「私たちは、これらの事実をしっかりと見つめ、すでに建てられている施設の地域が、原子力によらないでも復興していくことができるよう、不公平のない社会をつくっていく必要がある」と述べた。
著書の中では、原発のごみについても、高レベル廃棄物は最終的には何十万年後に中身が漏れ出て地下水に混ざることが想定されており（内藤氏は「それは推進派による弁で、計算方法を変えればいくらでも時期は早くなる」と指摘している）、処分場の引き受け地を探すのに国が必死であったことを伝えている。
２００人程集った会場の聴衆に対し、内藤氏は「（原発は）今すぐ全部要らないと言って欲しい。私たち宗教者はいのちを守り、危険を遠ざけるものであってほしい。それが私たち、皆さんの心の願いであると思います」と呼びかけた。
～宗教者が、心配する人たちと共に歩むことが大事～
質疑応答において内藤氏は、「政治のことは政治家任せになる体質が、特にキリスト教会はどの教派も強いと感じています。政治家に任せていて大丈夫であればそれで良いですが、見ていて危ないと思ったときには、一国民として、一市民として、一緒に心配する人たちと宗教者が間にいれば、国民は安心するのではないでしょうか。心配する人たちと一緒に（宗教者が）いるということが大事だと思います」と述べた。
また教会が政治社会問題を取り上げることができるために、「牧師の立場から意見を表明する人は少ないのではないかと思います。しかし牧師から意見を表明できるように、信徒さんたちが応援してあげてほしいと思います。どんな問題でもタブーをつくらず、『このことについて勉強したい』という課題を提示し、それについて意見が分かれたとしても、勉強会を持つことはできます。信徒さんからそのように言ってくださると、牧師が安心して勉強会をしようという動きを押すことになるのではないでしょうか」と述べた。
また「宗教者九条の和」など異宗教間の取り組みについて「宗教を超えた、命を守る関係をお互いにつくっていき、宗教宗派を超えてお互いに交流を持って出かけていくということが一番大事ではないでしょうか。牧師、お坊さん、信徒さんが共にいて、自分が行けなくても情報を伝えてあげるということが大事なことではないかと思います」と述べた。
「宗教者九条の和」は、２００４年６月の改憲の論議の高まりに対して、多様な分野の著名人九氏による「九条の会」が結成され発足した。それから、全国各地で賛同の運動が拡大し、賛同者の中にはキリスト教含む多くの宗教者が名を連ねている。
