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台湾基督長老教会は、６日朝に台湾南部で起きた強い地震の被災者に対する緊急救援センターを、台南永康教会に同日設置し、被災者のための祈りと献金を求めつつ、災害情報や救援物資、人員を集めて救援活動に当たっている。同教会が６日、公式サイトで伝えた。その後の最新情報は同教会の社会委員会がフェイスブックで写真入りで伝えている。
一方、台湾聖公会の頼栄信主教は同日、同教会は被災者を助けるために最善を尽くすと語った。英国のインターネット・ニュースメディア「プレミア」紙が報じた。
また、台湾カトリック司教協議会は同会会長である洪山川大司教からのメッセージとして、（中国旧正月の）新年特別ミサで台南での災害を覚えて祈祷をするよう公式サイトで呼び掛けた。カリタス台湾も台湾南部地震で被災し、傷ついた人たちや苦しんでいる人たち、亡くなった人たちのために祈るよう公式サイトで呼び掛けている。
なお、日本赤十字社は２０１６年台湾地震義援金を受け付けると公式サイトで発表した。
世界教会協議会やルーテル世界連盟の加盟教会などが作る国際的なキリスト教緊急支援組織「ＡＣＴアライアンス」は６日、フェイスブックで、「今朝マグニチュード６・４の地震に見舞われた台湾の人たちを思っている」と記し、「ＡＣＴのメンバーは現場の状況を見守っている」と付け加えた。
